Meskipun $1,53 miliar telah dianggarkan untuk membersihkan Sungai Seine yang selalu tercemar, laporan beredar selama berbulan-bulan menjelang Olimpiade Paris tentang apakah sungai tersebut cukup aman untuk menyelenggarakan cabang renang triatlon dan maraton 10.000 meter di sungai tersebut.
Walikota Paris Anne Hidalgo pergi berenang pada 17 Juli dan menyatakan perairan paling terkenal di Prancis itu siap untuk berenang—tetapi keadaannya agak kacau sejak Olimpiade dimulai.
Pada hari Senin, 29 Juli, kegiatan renang bagi para atlet triatlon untuk membiasakan diri dengan Sungai Seine dibatalkan, dengan alasan kualitas air yang buruk akibat limpasan hujan lebat akhir pekan (yang mulai terasa selama Upacara Pembukaan tanggal 26 Juli).
Triatlon pria kemudian ditunda sehari dan dijadwalkan ulang untuk mengikuti acara wanita pada tanggal 31 Juli setelah penyelenggara menganggap tingkat bakteri terlalu tinggi untuk renang yang aman.
Kedua triatlon tersebut diadakan pada tanggal 31 Juli, hari pengujian yang menemukan bahwa tingkat E. coli dan enterococci usus cukup rendah untuk memenuhi syarat air sebagai “kualitas sangat baik,” menurut Petunjuk Air Mandi Uni Eropa.
Namun spekulasi bahwa airnya tidak aman muncul kembali setelah dua atlet yang berkompetisi dalam triatlon mengundurkan diri dari kompetisi estafet campuran, dengan alasan penyakit masing-masing (tidak satu pun dari keduanya secara pasti terkait dengan berenang di Sungai Seine).
Lari 10.000 meter wanita dan pria masih dijadwalkan pada 8 dan 9 Agustus, tetapi latihan dibatalkan pada 6 Agustus setelah tes menunjukkan tingkat bakteri sekali lagi terlalu tinggi.